HiCEP(ハイセップ:High Coverage Expression Profiling)
次世代遺伝子発現プロファイリング解析

概要

HiCEP(High Coverage Expression Profiling)は、ディファレンシャル ディスプレイ(differential display : DDRT-PCR, DD-PCR)法の応用で、独立行政法人放射線医学総合研究所により開発されました。HiCEPは、マイクロアレイやdifferential displayを初めとする遺伝子発現を網羅的に解析する方法の1つです。HiCEPは、マイクロアレイでは検出することができない低発現のmRNAや、配列情報が無い生物や未知の遺伝子でも、網羅的に再現よく解析することが可能です。
HiCEPにより試料間で遺伝子発現レベルに差異のある遺伝子を、高い再現性と感度で網羅的に比較検討・抽出し解析することが可能になります。幅広い発現レンジで正確な測定が出来るため、少ないサンプル数(量)でも確実に結果が得られます。オリエンタル酵母工業(株)では、HiCEPを用いた遺伝子発現プロファイリング受託サービスをご提供致します。サンプル数やサンプル間の比較法など、お客様のご要望に合わせて柔軟に対応いたします。
お気軽にご相談下さい。

※「HiCEP」は、独立行政法人放射線医学総合研究所の登録商標です。

特徴

■HiCEP法の特長

  HiCEP マイクロアレイ
遺伝子情報
不要 必要
対象遺伝子
全ての真核生物 解析済み生物種
既知遺伝子+未知遺伝子+ncRNA 配列既知遺伝子
遺伝子網羅率 70%〜80% 網羅率はProbe数に依存
検出感度
>0.1コピー/細胞 >10コピー/細胞
判別能力
1.2倍差 1.5〜2倍差
Data再現性
サンプル数 n=2 サンプル数 n=5推奨
低頻度mRNAでも可 統計処理が必須で、低頻度mRNAに難
解析期間
3週間 1週間
課題
遺伝子同定作業が必要 検出感度、再現性
適した用途
遺伝子探索(低発現遺伝子、既知/未知遺伝子) 特定遺伝子検出

原理

AFLP法の原理を応用したmRNAディファレンシャル・ディスプレイ法


AFLP法の原理を応用したmRNAディファレンシャル・ディスプレイ法

データ

定量PCR法との良好な一致
「転移性乳癌サンプル」(2検体)、「非転移性乳癌サンプル」(3検体)を使用した、乳癌転移性関連遺伝子2種の発現量測定結果です。
HiCEPで測定される発現変化率は、定量PCR法と80%以上の相関性があります。


関連キーワード

遺伝子発現、網羅的、遺伝子、マイクロアレイ、プロファイリング

参考文献

1) Fukumura, R, et al. Nucleic Acids Res. 31, e94 (2003).
2) Suzuki, K, et al. Funct Integr Genomics. 5, 117-27 (2005).
3) Fujimori, A, et al. Cancer Res. 65, 0159-63 (2005).
4) Araki, R, et al. Stem Cells. 24, 2522-8 (2006).
5) Araki, R, et al. Brain Res. 1098, 9-18 (2005).

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